Der Hauptlauf des Alpkogellaufes findet seit 1988 auf der gleichen Strecke statt.
Verändert wurden nur der Startbereich (2013) und der Zieleinlauf (2016), um den Zuschauern einen Blick auf die Athletinnen zu ermöglichen.
Start ist bei der Sportvereinshütte. Über die Wiesenschleife geht es zur asphaltierten Straße zum Almbauer Morgenbesser. Nach gut einem Kilometer erreicht man dann den höchstgelegenen Bauernhof Niederösterreichs. Dort ändert sich dann der Untergrund: ab hier geht es erstens auf Schotter und zweitens richtig Bergauf.
Bis zum höchsten Punkt der Strecke, bei etwa 3,5 km und 220 hm, geht es praktisch nur mehr bergauf. Von dort geht es für ca. 2,5 km zuerst leicht abfallend zu den drei Kreuzen und später steiler hinunter, vorbei an der Schwarzenberghütte.
Der nächste Kilometer führt dann leicht wellig zurück zum Zielbereich.
Anstatt jedoch, wie früher, direkt ins Ziel zu laufen, dürfen die Läuferinnen noch eine Schleife um das Gasthaus laufen und sich den Zuschauern präsentieren.
Nach dem Zieleinlauf wartet dann das Läuferbuffet.